格鲁决定金盆洗手，开始成为一位负责任的好爸爸，并且把自己的地下基地改造成生产果冻和果酱的生产线(当然生产的果冻和果酱不会好吃)。
此时，反恶人联盟正在调查北极圈内秘密基地研发的一种名为PX-41的病毒被抢劫的事件，联盟决定把依然有犯罪头脑的格鲁加入到联盟里。特工瓦尔特·露西(Wilde Lucy)自愿和格鲁成为搭档，并且开始发生感情摩擦……
几天后，格鲁的助手尼法东奥博士由于不想金盆洗手，所以去和另一个犯罪分子合作。
他们在天堂商城当卧底时，格鲁发现莎莎餐厅(Salsa)的老板爱德华多·贝瑞兹和曾经与格鲁自己的犯罪伙伴——猛爷(El Macho)相似，但是……猛爷在20年前已经自杀，难道这里面有什么秘密……
格鲁后来在秃鹰美发店里找到了疑似是之前被抢劫的病毒样本。虽然美发店老板被联盟带走，但格鲁总觉得事情并没有那么简单。这件事草草结束后，特工露西要被调到澳大利亚分局，但可以看出，她还对格鲁有着感情……
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几天后，除了雷克斯(Lex)(就是我们说的小黄豆)和几个小Minion没有失踪外，其他的Minion都被抓走，并且被打了上文说的病毒，成了不会思考的杀人机器……
随着调查的逐渐深入，格鲁对那位老板起的疑心越来越大，直到他跟踪老板进入他的秘密基地，他才知道真相：老板的确是猛爷，并且北极圈内秘密基地病毒被抢劫事件也是猛爷干的，最巧的是，尼法东奥博士合作的另一个犯罪分子正是猛爷，Miniton也一样是被猛爷变成杀人机器的。猛爷此时还不知道格鲁已洗手不干，所以他还想让格鲁加入他，格鲁以他的小女儿在叫他为由回到了他家。
露西由于太想念格鲁，致使她在飞机上看到的任何人都成了格鲁的样子，她最终决定继续和格鲁搭档。露西在格鲁离开那个五月五狂欢的地方几分钟后，露西错过了格鲁，并且见到了猛爷。猛爷的鸡认出了露西，并在他的百变钱包里找到了露西的反恶人联盟证，也知道了格鲁金盆洗手的事，并把露西俘虏了!
格鲁回到家后，尼法东奥博士告诉了他露西被抓走的事。尼法东奥博士之后也偷偷地回到格鲁的秘密基地，并把病毒解药放在果冻和果酱里。
拯救行动开始。格鲁假装被那些杀人机器(杀人机器指小黄豆被打了病毒后变异成的小紫豆。那两个假装俘虏格鲁的“小紫豆”其实也只是幸存的小黄豆假扮的)俘虏，但是其中一个小黄豆由于疏忽，把脸上的颜料涂掉了，也被那些小紫豆认出来。危急关头，尼法东奥博士挺身而出，用第一部中的那架飞机把变异的小紫豆变回小黄豆。格鲁拿着尼法东奥博士改装的果冻枪，把一些小紫豆变回了小黄豆。猛爷在与格鲁后来的对战中败下阵来后，拿出了一个遥控。从喷泉里出来一个导弹，导弹上绑着一堆炸药，露西也被绑在导弹上。
猛爷在按下发射按键前，一个小黄豆学泰山，把遥控抢走。但是在拿着绳子荡的过程中，撞上了墙，遥控也飞了出去。
猛爷自己喝了病毒，并变异成了“紫巨人”(我个人把他的变异体称为“紫巨人”)。格鲁的果冻枪由于果冻不够，不能把“紫巨人”变回来。危急时刻，格鲁拿出了露西离别前给他的口红电枪，把“紫巨人”电昏。
格鲁正想给露西松绑，不料那只鸡走到了遥控前，用嘴啄了一下导弹发射键。导弹把炸药，露西还有格鲁发射上天，并向着猛爷“诈尸”的那个火山飞去。格鲁最终把露西给救了出来，两人平安无事。
格鲁与露西147次约会后，他们俩举行了婚礼，正式成为夫妻。格鲁收养的三个女儿中最小的女儿艾格尼丝也表达了对自己的新妈妈最真诚的情感。故事圆满结束!
